Infancia y adolescencia en Castilla
San Juan de la Cruz nació en 1542, en Fontiveros, un pequeño pueblo enclavado en la comarca de la Moraña abulense, de economía agrícola y ganadera, aunque con cierto embrión de una industria de telares [B. Velasco Bayón 1991].
Fue el segundo de los tres hijos del matrimonio formado por Gonzalo de Yepes y Catalina Álvarez, modestos tejedores de telas bastas, quienes eligieron para él uno de los nombres más habituales en el siglo XVI castellano [T. Egido 1991b:8]. El padre procedía de Toledo y, aunque para la madre se ha sugerido la posibilidad de una ascendencia judeoconversa o morisca, estas hipótesis no han podido ser confirmadas documentalmente [S. Tapia 1990; T. Egido 1991a:84], si bien algunos especialistas [J. Jiménez Lozano 1993:25; R. Rossi 1985; 1996:23] insisten en el mudejarismo antropológico que rodeó la infancia del futuro santo. Parece que las diferencias de clase social y de nivel económico entre el padre y la madre fueron determinantes para el distanciamiento con la familia paterna [J.V. Rodríguez 1990a].
A la muerte temprana del padre, "quizá a consecuencia de la crisis agraria y del hambre que se cebó en Castilla por los años cuarenta del siglo XVI y que también se llevó consigo al segundo de los hermanos", Luis, [T. Egido 1991a:83; A. Marcos 1993:147], la madre, viuda pobre, intentó recabar infructuosamente ayuda de ciertos parientes toledanos. Su desesperada situación le llevó a trasladarse a Arévalo, villa abulense predominantemente agrícola, pero con una pequeña industria textil-, donde permanecieron unos cuatro años [J. V. Rodríguez 1990a:21], para posteriormente, en 1551, establecerse en Medina del Campo. Esta villa de la provincia de Valladolid, aunque había iniciado su declive, era sede todavía de las ferias más importantes de la Corona de Castilla y uno de los principales mercados financieros de Europa, por lo que constituía un núcleo urbano de los más ricos y poblados de la Meseta Norte [B. Velasco 1991; A. Marcos 1993:170]. El objetivo de este traslado en el marco de la geografía castellana, pues, era mejorar la situación económica de la familia, que, además, se había incrementado con el matrimonio de Francisco, el único hermano de Juan.
Desde hace unos años se viene insistiendo en el ambiente marcado por la pobreza -verdaderos niveles de miseria- en que se desenvolvieron la infancia y adolescencia de Juan de Yepes [T. Egido 1990a; 1990b; 1991a; 1991b; A. Marcos 1993]. Estas duras circunstancias tuvieron como consecuencia la endeblez de su corta estructura física, a consecuencia de la desnutrición y del raquitismo infantil, y su obligada inserción en los grupos sociales "sin calidad" [R. Rossi 1995:253], condiciones propias para desarrollar actividades manuales y "artes mecánicas".
En los arrabales medinenses se crió el huérfano Juan de Yepes como pobre de solemnidad, categoría socioeconómica -diferenciada de la de los pobres envergonzantes o la de los vagos y maleantes- que le proporcionaba la posibilidad, mediante asistencia social prestada a través de instituciones de caridad, de asistir al Colegio de los Niños de la Doctrina. Por tal "privilegio", derivado de su ínfima extracción social, declarada y legalizada [A. Marcos 1993:174] -para su reconocimiento era necesario someterse a probanzas múltiples [T. Egido 1991b:11]-, estaba obligado a realizar contraprestaciones estipuladas, tales como la asistencia en el convento, la ayuda a Misa y a los Oficios, el acompañamiento de entierros y la práctica de pedir lismosna.
En este centro, entre reformatorio y escuela de enseñanza primaria [S. Tapia 1993], recibió una preparación elemental, lógicamente subordinada a la religiosa, pero que, en lugar de encauzarle hacia el habitual aprendizaje de un oficio [R. Rossi 1996:29], tuvo la virtud de rescatarle del analfabetismo en que estaban inmersos todos sus familiares -en contraste flagrante con los comportamientos de la familia de Santa Teresa- y le capacitó para proseguir su formación en el colegio fundado por los jesuitas en 1551, con la ayuda financiera de los mercaderes Rodrigo de Dueñas y Pedro Cuadrado.
Como alumno externo y a tiempo parcial, Juan de Yepes debía compaginar sus estudios con un trabajo asistencial en el hospital de Nuestra Señora de la Concepción de Medina, especializado en la curación de enfermedades venéreas contagiosas y conocido popularmente como el Hospital de las Bubas. A pesar de estas limitaciones de tiempo real, Juan de Yepes tuvo la oportunidad, entre 1559 y 1563, de asimilar las directrices de la «ratio studiorum», que, como nuevo método académico, se empezaba a ensayar en los colegios de la Compañía de Jesús.
De entrada, el latín era el eje de todos los estudios. Fueron profesores de Gramática latina Miguel de Anda, Gaspar de Astete y, quizá, Jerónimo Ripalda. Superados estos tres años, se podía pasar a un cuarto de Humanidades, en el que los alumnos aprendían a escribir con corrección en latín, a construir versos latinos y a traducir a Cicerón, César, Virgilio, Ovidio, ciertas cosas de Marcial y aun de Horacio. En la clase de Retórica se leía la Epístola ad Herennium, algunos libros de Quintiliano y diversos discursos de Cicerón. Desde 1557 Juan Bonifacio, profesor de Retórica, actuaba, además, como director de estudios, sustentando un nuevo espíritu que incorporará las nuevas corrientes del humanismo cristiano y que marcarán una impronta decisiva en la mentalidad de San Juan de la Cruz. La formación recibida en Medina constituirá la plataforma idónea para el acceso a la Universidad salmantina del aventajado alumno.
Fraile y estudiante
La vocación religiosa llevó a Juan de Yepes, a los veintiún años de edad, a ingresar en los Carmelitas de Medina, con el nombre de Juan de Santo Matía, decisión que supuso el rechazo de propuestas concretas de una ordenación sacerdotal como paso previo a la capellanía del Hospital de las Bubas, beneficio eclesiástico que hubiera solucionado los apuros económicos de la familia. Su elección -frente a la posible continuidad entre los jesuitas, por ejemplo- pone de manifiesto una tendencia a la soledad [R. Rossi 1996] y evidencia ya una inclinación contemplativa que aspiraba a satisfacer en una Orden con raigambre eremítica. El noviciado lo realizó entre 1563 y 1564 en el convento medinense de Santa Ana, fundado en 1557 por el P. Rengifo, quien se inspiró para sus estatutos en el Colegio de San Gregorio de Valladolid [Velasco Bayón 1991]. Se trataba de una etapa de densa preparación espiritual.
Como fraile profeso ya, se instaló en Salamanca en el Colegio de San Andrés, situado a extramuros de la ciudad [Velasco Bayón 1978], donde estudiaban carmelitas venidos de todas las provincias de España. En las aulas de la universidad salmantina realizó fray Juan de Santo Matía los tres cursos preceptivos para bachillerarse en Artes, durante los años 1564-1567 [L. E. Rodríguez-San Pedro 1989; 1990; 1992; 1997a; 1997b].
En el primer curso de Artes, 1564-65, asistió a las clases de Pedro García Galarza, Hernando de Rueda y Martín de Peralta, que impartieron docencia sobre las Súmulas de Domingo de Soto y la Lógica de Aristóteles, además de otras lecturas complementarias. En el segundo año, 1565-66, estudió lógica según las explicaciones de los profesores Hernando de Rueda, Andrés de Morales y el mercedario Gaspar de Torres. Durante el tercer año, 1566-67, siguió los cursos de filosofía impartidos por Hernando de Rueda, Diego Rodríguez, Alonso de Calahorra, Miguel Francés y Diego Bravo. Las materias tratadas fueron Físicos, De generatione et corruptione, De anima -libros segundo (teoría de la potencia y acto, facultades del alma, órganos de los sentidos) y tercero (la sensibilidad, la imaginación, el intelecto, activo y pasivo)- y Metafísica de Aristóteles, además de la Ética a Nicómaco y la Política [L.E. Rodríguez-San Pedro 1992:17-71]. Del plan de estudios se desprende que el curso más fuerte era el último, en el que parece desencadenarse una crisis vocacional en el joven carmelita [Rodríguez-San Pedro 1992:73-81]. No obstante, Juan de Santo Matía adquirió destreza dialéctica, como lo muestra su nombramiento de prefecto de estudiantes, al final de los Estudios de Artes, en el colegio de S. Andrés, y como seguirá evidenciando en los numerosos ejercicios académicos que dirigirá en Alcalá y Baeza.
Frente a las tensiones del mundillo universitario salmantino, en las que se veían involucrados los propios estudiantes, bullían sus inquietudes religiosas interiores, coincidentes en el tiempo con su ordenación como sacerdote en la primavera de 1567. Mientras tanto, dentro de la propia Orden habían surgido tendencias reformistas -en la década de los 60 el Capítulo de Roma acababa de aceptar una reforma de acuerdo con las directrices de Trento, para cuya difusión se envió al propio general de la Orden, Juan Bautista Rubeo, quien debió de visitar el convento de San Andrés en 1568 [Steggink: 1990:121], estando el futuro santo allí-. Sin embargo, a fray Juan, en esta fase de inestabilidad espiritual, sus inclinaciones contemplativas parecían impulsarle hacia la Cartuja.
En medio de esta crisis se produce el decisivo encuentro con Santa Teresa, por el otoño de 1567 en Medina. La Madre fundadora, que proporciona su propio testimonio en las Fundaciones (3,16-17), le ofreció la alternativa de encauzar sus deseos en el seno de la reforma de la misma Orden, en la línea de la restauración de un ideal eremítico-contemplativo, entroncado con otros movimientos reformistas de raíz hispana apoyados desde la Corte e independientes de Roma [F. Ruiz 1990]. Sin embargo, por la propia personalidad de la santa, tal renovación iba impregnada de un talante humanista que, más adelante, sería atenuado por el rigor de Nicolás Doria.
El santo decide, en la espera de la creación de algún monasterio, volver a Salamanca e iniciar estudios de Teología durante el curso 1567-68, pero sin intención de culminar su carrera académica. En la Facultad de Teología, la más prestigiosa de la Universidad, junto a la de Derecho, el dominico Francisco de Vitoria acababa de propiciar una renovación neotomista que, sin menoscabo del predominio de Santo Tomás, propugnaba una conciliación entre la Escolástica Especulativa y la Teología Positiva. Por otro lado, frente a la corriente tradicional, que defendía la necesidad de profundos conocimientos escolásticos y rechazaba los conocimientos lingüísticos y filológicos como requisitos para explicar los textos bíblicos, los estudiantes -entre los cuales se encontraba fray Juan de Santo Matía- reclamaban más lecciones de Sagrada Escritura, con profundización de estudios de hebreo, en cuanto clave de acceso a los libros sagrados. Biblistas y hebraístas, pues, se enfrentaban a escolásticos, rígidos defensores de la Vulgata, como bloques polarizados entre los que se cruzaban también las controversias y disparidades de agustinos y dominicos. Al primer grupo pertenecían Luis de León, Gaspar Grajal y Martínez Cantalapiedra; al segundo, Juan Gallo, Bartolomé de Medina y León de Castro. La polémica, que estalló cuando el editor salmantino Gaspar de Portonariis pretendió reeditar en 1569 la Biblia de Vatablo, culminaría con la detención de fray Luis de León, Grajal y Cantalapiedra en 1572.
La planificación de los cursos de Teología era más flexible, por lo que es verosímil [Rodríguez-San Pedro 1992:94-116] la asistencia de Juan de Santo Matía a diversas cátedras, en sesiones de mañana y tarde. Así pudo acudir a la de Mancio del Corpus Christi, en Prima de Teología, quien leyó la Tercera parte de la Summa de Santo Tomás sobre la Encarnación del Verbo; a la de Juan de Guevara en Vísperas, en la que se desarrolló la cuestión Prima Secundae de Santo Tomás; a la de Fr. Luis en la cursatoria de Durando, quien trató cuestiones relativas a las distinciones 23-25 del tratado De fide; a la de Juan Gallo en la cursatoria de Teología tomista, donde explicó la Primera parte de la Summa; a la de Cristóbal Vela en la cursatoria de Escoto, donde se leyó el libro IV acerca de la resurrección de los muertos; a la de Gaspar de Grajal en Teología positiva, quien explicó los Salmos, desde el 50 hasta el 70; a la de Martín Martínez Cantalapiedra, quien desarrolló 40 capítulos del profeta Daniel en filología semítica; a la Cristóbal de Madrigal en hebreo, quien analizó diversas secciones del Éxodo, Malaquías, Ezequiel, y Génesis. Además, como sustituto de la cátedra de Prima de Teología, esto es de Mancio del Corpus Christi, explicó fray Luis el De Eucharistia y, tal vez, el De predestinatione, por lo que "todo ello nos abre múltiples posibilidades de vinculación universitaria entre Fr. Luis y Fr. Juan de Santo Matía" [Rodríguez-San Pedro 1993:247, n.39]. Se ha insinuado que de estas lecciones pudieran derivar también algunas concomitancias entre San Juan y el pensamiento erasmiano.
Por otro lado [Rodríguez-San Pedro [1993:244], existe la posibilidad de que el carmelita asistiera a materias ajenas al propio curriculum, como la explicación de los Cantares de Salomón, en la cátedra de propiedad de Lenguas Semíticas [López Baralt 2006], durante el curso 1565-66, o escuchara las teorías copernicanas, en parte admitidas por los estatutos salmantinos de 1561 [Bustos Tovar 1973; Fernández Álvarez 1974], desarrolladas por el catedrático de Astrología Hernando de Aguilera, toda vez que se han rastreado influjos copernicanos en la concepción del alma por parte del santo [Sanchez Lora 1992]. Además, el mismo Juan de Aguilera es autor de un Ars memorativa, materia también explicada por el Brocense en 1567, de la cual también se han detectado influencias en San Juan de la Cruz [Aurora Egido 1991]. Incluso se ha apuntado la hipótesis de un conocimiento indirecto de Algazel y de Averroes a través de John Baconthorp, por esta misma época.
En definitiva, Juan de Santo Matía sólo realizó un curso de Teología, por lo que no obtuvo siquiera el grado de bachiller, a diferencia de otros compañeros, como Fr. Bartolomé Sánchez, Fr. Juan de Heredia, Fr. Rodrigo Nieto y Fr. Pedro de Orozco, etc., quienes completaron los cursos exigidos.
Inicios de la Reforma: tensiones y conflictos
En agosto de 1568 fray Juan de Santo Matía abandonó Salamanca y su Estudio para acompañar a Teresa de Jesús en su fundación femenina de Valladolid [F. Ruiz 1990], viaje interpretado como una especie de "noviciado" necesario para familiarizarse con el nuevo talante de la reforma, previo al inminente traslado a Duruelo. Aquí se inauguró el primer convento de descalzos, según la Regla primitiva y no mitigada de la Orden del Carmen, el 28 de noviembre de 1568, ceremonia en la que fray cambió su nombre por el de fray Juan de la Cruz. La atmósfera de aquellos primitivos le pareció a la madre Teresa, en la visita que realizó por marzo de 1569, exagerada, y en ella se percibían ya las tendencias rigoristas que, propulsadas por el general genovés Nicolás Doria, desbancaron la corriente humanista y moderada de Teresa de Jesús y Gracián.
En 1570 la fundación se trasladó a Mancera, donde fray Juan desempeñó el cargo de subprior y maestro de novicios. Después de una breve estancia en Pastrana para poner en marcha su noviciado, en 1571 se estableció en Alcalá de Henares, como Rector del colegio recién fundado, con lo que volvía a estar inmerso en un ambiente cultural potente y abierto.
En la primavera de 1572 Santa Teresa lo reclamó como Vicario y confesor de las monjas de la Encarnación, comunidad de la que era priora, tras superar una serie de dificultades y crisis internas. Este convento femenino, el más importante de Castilla, a la sazón albergaba 130 monjas. En este cargo permanecerá fray Juan de la Cruz hasta diciembre de 1577, por lo que pudo acompañar a la Madre en la fundación de diversos conventos de Descalzas, como el de Segovia [J.V. Rodríguez 1990b].
Se ha sugerido la posibilidad de que durante su permanencia en Ávila fray Juan de la Cruz tuviera tiempo y ocasión de realizar amplias lecturas, escolásticas y místicas e, incluso, de madurar en su experiencia espiritual y poética [Rodríguez-San Pedro 1992:134, n. 193]. Por entonces, en esta ciudad castellana, en gran apogeo cultural, artístico y religioso, existía un Estudio General de los dominicos (Santo Tomás), además del Colegio de jesuitas de San Gil, en el que residían teólogos como Francisco Suárez, y pedagogos como el P. Ripalda o el propio Juan Bonifacio, preceptor de Juan de Yepes en Medina del Campo. Otros especialistas han insistido asimismo en que estos años constituyeron una etapa de preparación para la creatividad absoluta de los inmediatamente siguientes. "Debieron perfilarse y quizá definirse allí y entonces la originalidad de su pensamiento, la fuerza de su inventiva y la urgencia de la escritura" [Rossi 1996:65].
Durante este tiempo las negociaciones entre España y la Santa Sede habían entrado en una fase en la que la reforma de las órdenes de España quedaba encomendada a los ordinarios bajo la dirección de la Corona. Confluyeron, por tanto, entonces dos directrices reformadoras: por un lado, la reforma del Rey, independiente de las disposiciones de la Reformatio Regularium de Trento, y, por otro, la reforma propugnada por los Papas.
Paralelamente, en el seno de la Orden del Carmen se habían agravado las tensiones jurisdiccionales entre los carmelitas calzados y descalzos, debidos primordialmente a distintos enfoques espirituales de la reforma [Steggink 1965, 1990, 1991], conflicto que tuvo que experimentar San Juan en Salamanca y quizá en Medina. Mientras los primeros, empeñados en evitar la separación de un grupo cada vez más nutrido, estaban impulsados por la curia romana y el Papa, los segundos, seguidores de la regla Primitiva no mitigada y ávidos de rigor, fueron apoyados por Felipe II, reticente ante Roma y promotor de una reforma "a la hispana", radical y rápida: "el pleito de calzados y descalzos se enmarca en la permanente confrontación entre el poder real y el pontificio por dominar el sector, también poderoso, de las órdenes religiosas" [T. Egido 1991b:19]. En 1575 el Capítulo General de los Carmelitas, reunido en Piacenza, adoptó la medida especial de enviar un Visitador de la Orden para Calzados y Descalzos, el P. Jerónimo Tostado, con el objetivo de suprimir los conventos fundados sin licencia del General y de recluir a la M. Teresa en un convento elegido por ella.
Las confrontaciones jurisdiccionales irán en aumento hasta el punto de hacerse perceptible la necesidad de independencia para la rama de los Descalzos. Así, primeramente, en 1580, el Carmelo Descalzo se erigirá en provincia exenta, mediante Breve expedido por Gregorio XIII; poco después, en 1588, será reconocido como Congregación, esto es, como Orden con personalidad propia, que, coherentemente, guardará lealtad absoluta a la monarquía española, su gran favorecedora.
El conocido episodio del encarcelamiento del futuro santo se encuadra en este preciso contexto religioso. Ya en 1575, fray Juan de la Cruz había sido detenido y encarcelado en Medina del Campo por los frailes calzados, pero fue liberado a los pocos días gracias a la intervención del nuncio Ormaneto, favorable a los descalzos. A la muerte de éste, su sucesor, Felipe Sega, se decantó por el General calzado y la Reforma teresiana estuvo a punto de irse a pique. La situación de fray Juan en la Encarnación era cada vez más violenta, puesto que, siendo uno de los fundadores de los Descalzos, detentaba el cargo de confesor de monjas calzadas. En el mismo convento las tensiones entre las partidarias de Santa Teresa para el cargo de Priora y las de la representante de los calzados habían cristalizado en unas elecciones sumamente violentas que tuvieron lugar el 7 de octubre.
En la noche del 3 de diciembre de 1577, Juan de la Cruz fue apresado y trasladado al convento de frailes carmelitas de Toledo, donde compareció ante un tribunal de frailes calzados que le conminó a retractarse de la Reforma Teresiana. Al negarse, fue declarado rebelde y contumaz [Steggink 1991], sentencia nula, pues el tribunal carecía de facultades jurídicas, pero que dejaba al descubierto la consideración generalizada de fray Juan como una de los pilares más representativos de la Reforma. En consecuencia, fue encerrado en una oscura y angosta celda en la que permaneció más de ocho meses. Durante este encierro, en un "estado de abandono total, estado que en otros paraliza el pensamiento, Juan de la Cruz escribió una grandísima poesía de amor, elaborando en sentido erótico -con los acentos de la búsqueda y del deseo del Amado- el sensualismo del texto atribuido a Salomón" (R. Rossi 1996:85), las 31 primeras estrofas del Cántico espiritual (el denominado protocántico), a la vez que los Romances y el poema de la "Fonte". La composición tendrá mucho de técnica mnemotécnica -tal vez sobre gérmenes embrionarios brotados ya en Ávila- pues durante mucho tiempo no le proporcionaron papel para escribir [Senabre:1993].
La presión psicológica por parte de los observantes, las dudas sobre la licitud de la empresa teresiana, el recelo sobre posibles sospechas de su renuncia al proyecto de Reforma, el sentimiento de desamparo, la angustia por el aparente olvido de los amigos -desconocedor de los desvelos de Santa Teresa y de sus gestiones en la corte-, el profundo y progresivo desgaste físico unido al temor a una muerte no descartable en tales circunstancias fueron, sin duda, elementos determinantes para la concepción del mayor de sus símbolos literarios, el de la Noche Oscura. En este sentido, la prisión toledana, con su soledad y silencio extremos, potenció la fuerza generadora de la palabra poética y el prisionero "experimentó interiormente la función heurística y creadora de la oscuridad" (R. Rossi 1996:84).
Al cabo de estos meses, con el íntimo convencimiento de que nunca lo liberarían y de que la prolongación de su cautiverio sólo podía acarrearle un desenlace fatal y absurdo, Juan de la Cruz planeó cuidadosamente su fuga como una técnica de supervivencia. En la octava de la Ascensión -entre el 16 y 18 de 1578-, con la ayuda implícita de un carcelero apiadado de su situación, logró evadirse de la prisión en medio de la noche y, a escondidas, llegar al convento de carmelitas descalzas, en la misma ciudad del Tajo, muy próximas al convento en que había estado preso, que le atendieron solícitas, pero para mayor seguridad, le enviaron al Hospital de Santa Cruz, donde convaleció mes y medio. Las incidencias de aquella huida nocturna, preñada de angustia, quedarán como un poso latente en el fondo vivencial del poema de la Noche Oscura, aunque su contenido trascienda la inmediata experiencia biográfica.
Estancia en Andalucía
En septiembre de 1578 San Juan de la Cruz se dirigió hacia Andalucía para reponerse y, tras breve estancia en Almodóvar del Campo, donde asistió a un complejo Capítulo de los descalzos, llegó como Vicario al convento de El Calvario en la serranía jienense. Desde este enclave aislado y retirado de las tensiones entre calzados y descalzos, realizaba regularmente visitas a las monjas descalzas de la fundación de Beas de Segura, de la que era priora Ana de Jesús, a la que había conocido en 1570, en Mancera, de camino con Santa Teresa para la fundación de Salamanca. Entre ambos se desarrollará una entrañable amistad, que explica la dedicatoria de las Declaraciones al Cántico espiritual. En este entorno sosegado y relajante, en plena naturaleza, disfrutó de una etapa de fecunda creatividad [E. Martínez 2006:119-154], pues parece que aquí compuso los primeros escritos breves: Cautelas, Avisos, Montecillo de Perfección, el poema Noche oscura y comentarios aislados a las estrofas del Cántico.
En junio de 1579 salió para Baeza, ciudad universitaria entonces, donde por aquellos años se respiraba un clima de efervescencia religiosa, para fundar un colegio destinado a los estudiantes carmelitas. En calidad de Rector del Colegio Mayor, cargo que pone de relieve, como antes en Alcalá, el reconocimiento de su preparación intelectual, permaneció hasta 1582. A pesar de las estrechas relaciones con la Universidad, rehusó propuestas de docencia. Mientras tanto, en junio de 1580 se plasmó la separación del Carmelo Descalzo de los Calzados y la Erección en Provincia exenta, mediante breve de Gregorio XIII [Martínez 2006:136], de acuerdo con las pretensiones de Felipe II. En ese mismo mes murió, a consecuencia del llamado "catarro universal", su madre, Catalina Álvarez. Según E. Pacho [1991:53], en este período escribió probablemente las estrofas 32-34 del Cántico, inició la redacción de la Subida y algunas declaraciones de otras estrofas del Cántico.
Dentro de la Orden continuó la progresión ascendente de sus responsabilidades. En el capítulo de Alcalá de Henares de 1581, en que se hace la escritura oficial de la separación de los Calzados y la Reforma se ve reconocida y afirmada con la elección de Jerónimo Gracián como Provincial, es nombrado tercer Consejero. Regresó a Baeza por poco tiempo pues se le enconmendó el Priorato de Los Mártires de Granada. En noviembre viajó a Ávila para tratar con Teresa de Jesús acerca de la fundación de las descalzas de Granada, con la pretensión de incorporarla a esta comunidad, gestión que no progresaría, pues la Madre programaba una nueva fundación en Burgos. El último encuentro entre los dos cofundadores del Carmelo Descalzo se produjo el 28 de este mes.
En enero de 1582 viajó a Granada, acompañado de Ana de Jesús y de sus hermanas de hábito. Casi un siglo después de su conquista por los Reyes Católicos, la ciudad estaba pasando por un periodo de dificultades. Allí trabaría conocimiento con Dña. Ana de Mercado y Peñalosa, dama segoviana viuda, favorecedora de las descalzas, a las que alojó en su casa durante alguna temporada, y a quien Juan de la Cruz dedicaría la Llama de amor viva.
En marzo tomó posesión del Priorato de los Mártires, donde permanecerá hasta 1588, el periodo más largo de su vida como religioso descalzo. En este convento situado a espaldas de la Alhambra y de Sierra Nevada [F. Ruiz 1990: 223-227], recibió la noticia de la muerte de la Madre Teresa en octubre de 1582. En 1583 asistió al Capítulo de Almodóvar del Campo, como Superior de Granada, donde cesó como Consejero pero fue reelegido Prior de Los Mártires para otros dos años y confirmado Vicario de Andalucía por el mismo periodo de tiempo. En 1585 asistió al capítulo de Lisboa, donde fue elegido segundo Definidor -el primero fue Jerónimo Gracián y Provincial el P. Doria- y Vicario de Andalucía. Se decidió establecer una "dieta o consulta permanente, contituida por el Provincial y sus definidores " [E. Martínez 2006:146]. En abril de 1587, en el Capítulo de Valladolid, cesa como Definidor y Vicario de Andalucía, pero es nombrado por tercera vez Prior de Granada, cargo en el que se mantendrá hasta 1588, en que se celebrará en Madrid el Primer Capítulo General del Carmelo Teresiano.
En esta etapa realizó numerosos viajes por Andalucía y Portugal, por razones del cargo [F. Ruiz 1990:253-316], a los conventos de frailes y de monjas: en 1585, Málaga, Caravaca, Sevilla y Lisboa. En 1586 acompañó a Ana de Jesús a la fundación de Madrid de Santa Ana de las Descalzas. Entre este año y 1587 se desplazó a Córdoba, Beas, Bujalance, Baeza, la Manchuela (Jaén), Guadalcázar y Sabiote. Se ha calculado un recorrido de 27.000 kms en total.
Con respecto a su labor creativa, esta época es de fecundo esplendor, pues [Pacho 1991:54] en 1584 finalizó la redacción del primer Cántico (Declaraciones de las canciones que tratan del exercicio de amor entre el Alma y el Esposo Christo ... a petición de la madre Ana de Jesús, priora de las Descalzas de San José de Granada. Año de 1584 años) y en 1586, a la segunda. También dio forma casi definitiva a los grandes tratados en prosa, Subida, Noche y Llama [E. Martínez 2006:147-154].
Regreso a Castilla y camino de las ínsulas extrañas
A mediados de 1588, entre junio y julio, en el Primer Capítulo general del Carmelo Teresiano celebrado en Madrid, el P. Doria es nombrado Vicario General y "se elige una Consulta de seis frailes que le ayudarán en el gobierno" (E. Martínez, 2006:146). El P. Jerónimo Gracián es destituido de todos sus cargos y destinado a México: no llegará a viajar nunca.
Fray Juan de la Cruz es elegido Primer Definidor y Tercer Consiliario de la Consulta, que él preside en ausencia de Doria. En agosto, la Consulta se traslada a Segovia. En consecuencia, fray Juan regresa Castilla, como Presidente-prior del convento segoviano y renuncia en marzo de 1589 al Priorato de Granada. En Segovia -en fase de crecimiento, de modo excepcional en el marco de la deprimida Castilla, por su floreciente industria textil-, en casa fundada, ampliada y mejorada por él mismo, en concentración conventual, redactó la mayor parte de las cartas que se han conservado.
No obstante, durante estos años se habían ahondado las diferencias entre la concepción de la Reforma del P. Doria y la de Santa Teresa y Jerónimo Gracián de la Madre de Dios. Fray Juan de la Cruz, partidario de esta última, se enfrentó abiertamente al primero en 1590 en el Capítulo General ordinario de Madrid. En junio de ese año, Sixto V, en el breve "Salvatoris", confirmó las Constituciones de las Descalzas, dadas por la Madre Teresa y convertidas en el centro de una dura polémica en el seno de la Orden.
A consecuencia de estas tensiones, fray Juan estaba aislado en la Consulta. En el Capítulo General celebrado en junio de 1591 es cesado de todos sus cargos y reintegrado como mero súbdito a la comunidad de Segovia. Se pretendía exiliarlo a México y se le extendió una patente para ir a las Indias junto a otros frailes, a pesar de que su talante espiritual e intelectual no se ajustaba en modo alguno al perfil de un misionero. Posteriormente, sus superiores, para aplacar el escándalo, le ofrecieron regresar a Segovia, pero la resolución del futuro santo, hastiado de las intrigas, fue firme.
Sin embargo, tal destino no llegó a materializarse. Durante el viaje hacia Andalucía, llevado a cabo en agosto, hizo fray Juan una escala en el convento de La Peñuela, en espera de nuevos avisos de la Orden y redactó sus últimas cartas. Allí cayó enfermo con unas "calenturillas" tan pertinaces, que obligaron a trasladarlo en septiembre hasta Úbeda, para recibir atención médica. En este convento, acogido con desafección por su prior, la enfermedad se agravó "acelerada por tratamientos tan inadecuados como acordes con los usos médicos de la época" [T. Egido 1991b:22]. La muerte le sobrevino, a los 49 años de edad, la noche del 13 al 14 de diciembre, cuando las campanas tañían a maitines.
Reconocimiento póstumo
Inmediatamente se seguiría el despojo de sus reliquias y los pleitos entre Úbeda y Segovia por la posesión de sus restos mortales, un tesoro para las mentalidades barrocas. A instancias de Dña. Ana de Mercado y Peñalosa, en 1593 su cuerpo, mutilado ya, fue trasladado a Segovia, donde reposa en la actualidad. Este traslado nocturno y clandestino -como la salida de la amada en la Noche oscura- inspiró un episodio del Quijote.
En 1614 comenzaron los procesos informativos para la beatificación de fray Juan de la Cruz, que durarán hasta 1618. El proceso de beatificación se inició en 1627 y concluyó en 1630. Problemas interpretativos hacen retroceder la causa, que es reiniciada y concluida en 1651. El 25 de enero de 1675 Clemente X promulgó el Breve de beatificación. El 27 de diciembre de 1726 fue canonizado por Benedicto XIII, quien estableció la fecha litúrgica el 14 de diciembre. El 24 de agosto de 1926, aniversario del comienzo de la Reforma teresiana, fue proclamado Doctor de la Iglesia Universal por Pío XI. En 1952 es declarado patrono de los poetas españoles. En 1991, con ocasión del cuarto Centenario de su muerte, fue nombrado Doctor Honoris Causa por la Universidad de Salamanca.
En 1618 vio la luz la editio princeps de sus obras en Alcalá de Henares, aunque sin contener el Cántico espiritual. Fue reproducida en Barcelona en 1619. En 1622 se publicó en París por primera vez el Cántico en lengua francesa. La primera edición española con el Cántico incluido salió en Bruselas en 1627, año en el que también apareció en Roma la primera versión italiana. El título Cántico espiritual figura por vez primera en la edición de Jerónimo de San José, publicada en Madrid en 1630.